في عهد الفتوحات الإسلامية في صدر الإسلام لم تكن الكنائس مراكز قيادة ومن ثم تركها المسلمون الفاتحون لتستمر كما هي مراكز عبادة للنصارى ، لأن الوضع مختلف عن وضع آيا صوفيا التي كانت مركزا للقيادة للإمبراطور البيزنطي يدير منها شئون الحرب على المسلمين ويدير منها شئون الدولة ، ولم تكن آية صوفيا مجرد كنيسة فحسب
ولذلك وضع آية صوفيا (كمركز قيادة للاعداء) أصبح مختلفا عن وضع كنائس العبادة